Le projet TOXInCloud, objet d’une collaboration entre l’entreprise rennaise SciLicium et la plate-forme de bio-informatique GenOuest, visait à déployer et automatiser dans le cloud un pipeline d’analyse de données toxicogénomiques. Il vient de se conclure sur un succès avec un pipeline plus performant et une application web nommée « GenoLens » qui améliore l’expérience utilisateur. Financé grâce à l’appel à projets « Transfert de technologies – Chimie, biotechnologies et santé » de la Région Bretagne, le projet a été accompagné par Biotech Santé Bretagne depuis sa phase de montage jusqu’à sa clôture.
La toxicogénomique pour évaluer les risques chimiques et améliorer les tests pré-cliniques dans les domaines pharma et cosmétique
L’explosion du volume de données en transcriptomique (étude de l’expression des gènes) est à l’origine de nombreuses innovations. Parmi elles, la toxicogénomique (étude de l’impact de composés chimiques sur l’expression des gènes) a ouvert la voie vers de nouvelles approches in silico pour évaluer les risques chimiques, notamment dans les secteurs cosmétique et pharmaceutique.
Le projet TOXInCloud visait à déployer et automatiser dans le cloud le pipeline d’analyse de données toxicogénomiques développé par SciLicium, à l’aide des outils bio-informatiques et de l’expertise de la plateforme GenOuest. Après plus d’an un de collaboration et de développements, le pipeline est opérationnel. Les utilisateurs, clients de SciLicium, peuvent dorénavant accéder facilement à des outils analytiques et prédictifs pour améliorer la compréhension des effets indésirables de leurs composés chimiques en développement, et ainsi améliorer leurs tests précliniques.
Du côté de la plateforme académique GenOuest (Irisa) le bilan est positif également pour l’équipe qui est montée en compétences et qui a étoffé son catalogue de services pour les entreprises.
GenoLens, une application innovante pour faciliter l’analyse des données toxicogénomiques
« Avec le projet TOXInCloud on voulait faire progresser notre pipeline mais aussi améliorer le rendu des résultats pour nos clients et partenaires. Les données de toxicogénomique sont en effet volumineuses, difficilement transférables et compliquées à visualiser. On a été plus loin que ce qu’on envisageait initialement avec le développement de l’application web « GenoLens » qui permet à nos utilisateurs de visualiser simplement les résultats de leurs analyses. »
Thomas Darde, Fondateur de SciLicium et coordinateur du projet TOXInCloud
Vers de nouveaux modèles de prédiction en dermatologie…
Ce projet terminé, SciLicium voit déjà plus loin avec de nouveaux modules pour GenoLens. L’entreprise vise également de nouveaux développements autour de la dermatologie pour détecter les effets moléculaires à l’échelle de la cellule de peau.
« La peau est un organe multicellulaire et la compréhension de l’interaction de ces cellules pourrait permettre de mieux évaluer l’efficacité de certaines substances. Nous travaillons actuellement sur un projet d’atlas cellulaire de la peau afin de créer de nouveaux modèles de prédiction dans le domaine de la dermatologie » annonce Thomas Darde, Fondateur de SciLicium.
Un accompagnement sur-mesure du projet d’innovation par Biotech Santé Bretagne
Dans ce projet, l’équipe de Biotech Santé Bretagne aura soutenu les porteurs (SciLicium et GenOuest) dans le montage (aide à la rédaction et relecture avant dépôt), le suivi (réunions collectives et points d’étapes) et la clôture du projet (aide à la réalisation du bilan pour le financeur).
💡 Vous souhaitez en savoir plus sur ce projet et sur l’offre de service de SciLicium ou de la plateforme GenOuest ? Contactez Thomas Darde, Fondateur de SciLicium et coordinateur du projet TOXInCloud [thomas.darde@scilicium.com] ou Matéo Boudet, ingénieur logiciel sur la plateforme GenOuest/Irisa [mateo.boudet@irisa.fr]
Vous souhaitez en savoir plus sur l’accompagnement des projets par Biotech Santé Bretagne ? Contactez Jocelyne Le Seyec, chargée de projets biotech santé [jocelyne@biotech-sante-bretagne.fr]
Publié le 27/08/2024
